Das Heiliges Meer-Heupen bietet ein einzigartiges Landschaftserlebnis auf engstem Raum. Das Gebiet liegt in einer tektonischen Störungszone im nordwestlichen Tecklenburger Land. In den Salinargesteinen in rund 100 Meter Tiefe entstehen durch Auswaschungen Hohlräume, die einbrechen und im Gelände Erdfälle bilden, die sich mit Wasser füllen. Besonders spektakulär war die Entstehung des Erdfallsees am 13. April 1913, als sich plötzlich ein 10 Meter tiefer Krater mit einem Durchmesser von 100 Metern auftat, der sich mit Wasser füllte und seitdem ein ideales Anschauungsobjekt für die Entwicklung von Stillgewässern ist. Die Erdfallseen im FFH-Gebiet haben ein unterschiedliches Alter und weisen unterschiedliche Verlandungsstadien auf. Sie sind eingebettet in eine Landschaft mit Heide, Magerrasen, Niedermoor und Bruchwäldern. Das Große Heilige Meer ist zugleich der größte natürlich entstandene Binnensee in NRW.

Eine Biologische Station als Außenstelle des LWL-Museum für Naturkunde betreut das Gebiet, das als eines der am besten erforschten Naturschutzgebiete in Mitteleuropa gilt. Die Station hat einen kleinen Ausstellungsraum, bietet ein umfangreiches Kursprogramm und Exkursionen an und ist Startpunkt für ausgeschilderte Rundwege durch das Gebiet.

Der Wert des Gebietes beruht vor allem auf dem Nebeneinander von Gewässern und Lebensräumen unterschiedlicher Trophiestufen. Dazu gehören nährstoffarme Heideweiher mit Arten wie Wasserschlauch, Sonnentau und Strandling ebenso wie das nährstoffreichere Große Heilige Meer mit einem randlichen Schilfröhricht. Entsprechend artenreich ist die Tier- und Pflanzenwelt mit einer Fülle seltener Arten. Nach Osten hin ist das angrenzende Feuchtwiesengebiet Heupen nicht nur ein Puffer gegenüber Nährstoffeinträgen, sondern auch eine wertvolle Ergänzung mit weiteren Lebensräumen. Die extensiv bewirtschafteten Wiesen sind Lebensraum für Wiesenvögel wie Großer Brachvogel, Kiebitz und Schafstelze. In den Hecken und Bruchwäldern brüten Kleinspecht und Bluthänfling.