Auf einer Länge von rund 65 Kilometern fließt die Ems durch den Kreis Steinfurt. Ein Großteil des Flusses und seiner Aue ist als FFH-Gebiet und Naturschutzgebiet ausgewiesen. Die Emsaue ist somit das größte Naturschutzgebiet im Kreis Steinfurt. Die Emsaue ist die wichtigste Naturschutzachse im Münsterland.

Auwaldreste, Weidengebüsche, feuchtes und mageres Grünland sowie Altarme und Flutmulden charakterisieren die Vielfalt der Aue. Einbezogen in das FFH-Gebiet sind einige flussbegleitende Dünen wie die Bockholter Berge oder der Elter Sand. Die Emsaue besitzt trotz der Beeinträchtigungen durch die Begradigung des Flusses Mitte des 20. Jahrhunderts eine herausragende Bedeutung für den Naturschutz. Auwaldreste sind Lebensraum für Pirol und Nachtigall, in Altarmen, Flutmulden und Senken finden Arten wie Kammmolch, Schwanenblume und Seerose einen Lebensraum. Rohrweihen nutzen Schilfröhrichte als Brutplatz.

In Hochstaudenfluren wachsen typische Stromtalpflanzen wie Langblättriger Ehrenpreis und Gelbe Wiesenraute. Das Grünland in der Emsaue wird teilweise extensiv bewirtschaftet. Je nach Relief entwickeln sich Feuchtwiesen mit Kuckucks-Lichtnelke und Breitblättrigem Knabenkraut oder magere Glatthaferwiesen mit Margerite, Acker-Witwenblume und Echtem Labkraut. Auf trockenen Rainen und Böschungen wächst kleinflächig der Heidenelken-Rasen. Die Dünengebiete mit Heideresten und Sandmagerrasen sind Habitate für Sandlaufkäfer, Zauneidechse und eine angepasste Flora mit Frühlings-Spörgel, Bauernsenf und Sand-Segge.

An einigen Emsabschnitten ist die Steinschüttung zur Ufersicherung entfernt worden. Hier haben sich stellenweise Steilufer mit Brutmöglichkeiten für Uferschwalben und Eisvögel entwickelt. Das Emsauen-Schutzkonzept sieht weitere Maßnahmen vor, beispielsweise die Anbindung von Altarmen. Eine hervorragende Möglichkeit, die Emsaue im Kreis Steinfurt kennen zu lernen, bietet der Emsradweg, der dem Lauf des Flusses folgt. Integriert in das FFH-Gebiet ist neben dem Dünengebiet Bockholter Berge auch das Boltenmoor.